1808–1810 m. Taujėnų dvaro savininkas pastatė naują medinę bažnyčią. Ji gavo Šv. Kryžiaus Išaukštinimo titulą ir tapo Ukmergės bažnyčios filija. 1820 m. šalia medinės bažnyčios pradėta statyti mūrinė klasicistinė bažnyčia pagal architekto Šurino projektą. Darbai strigo dėl fundatorių mirties. 1858 metais statyba buvo baigta, vidus dar įrenginėjamas. Buvo pastatyta varpinė. 1893 m. įrengti platūs vartai. Varšuvos dirbtuvėse sukurtas vitražas Kryžiaus Atradimas . 1900 m. įrengtas didysis altorius (iš balto marmuro), Šv. Kazimiero bei Šv. Stanislovo skulptūros. Vargonus įrengė meistras J. Radvilavičius. Bažnyčia tapo parapinė. kaunoarkivyskupija.lt
