Lahepera hoiuala kaitse-eesmärk on nõukogu direktiivi 92/43/EMÜ I lisas nimetatud elupaigatüübi - vähe- kuni kesktoiteliste mõõdukalt kareda veega järvede (3130) kaitse ja II lisas nimetatud liikide ning nõukogu direktiivi 79/409/EMÜ I lisas nimetatud liikide ja I lisas nimetamata rändlinnuliikide elupaikade kaitse. Liigid, kelle elupaika kaitstakse, on: mustviires (Chlidonias niger), väikeluik (Cygnus columbianus bewickii), väikekajakas (Larus minutus), väikekoskel (Mergus albellus), tuttpütt (Podiceps cristatus), harilik tõugjas (Aspius aspius), harilik hink (Cobitis taenia), harilik võldas (Cottus gobio) ja harilik vingerjas (Misgurnus fossilis) infoleht.keskkonnainfo.ee
